Hệ thống Đại học ASEAN (AUN) bao gồm 31 trường đại học trong 10 quốc gia thành viên ASEAN. AUN bao gồm một Hội đồng quản trị từ các trường đại học tham gia, Ban thư ký AUN. Hội đồng Quản trị bao gồm một đại diện từ mỗi nước thành viên ASEAN, Tổng thư ký ASEAN, Chủ tịch tiểu ban ASEAN về giáo dục (ASCOE) và Giám đốc điều hành của AUN. Hội đồng quản trị có nhiệm vụ xây dựng chính sách, phê duyệt đề xuất dự án, phân bổ ngân sách và phối hợp hoạt động thực hiện. Hội đồng quản trị đưa ra quyết định về các hoạt động trên cơ sở đồng thuận. Các trường đại học tham gia có nhiệm vụ thực hiện các chương trình và các hoạt động AUN.

Khi AUN được thành lập vào năm 1995, nó bao gồm mười ba trường đại học từ bảy quốc gia. Sau khi Myanmar, Lào và Campuchia gia nhập ASEAN,hệ thống đã tăng lên 21 thành viên. Mặc dù rất nhiều các ứng dụng cho các thành viên đã được nhận, nó đã được quyết định chỉ thừa nhận các trường đại học từ các nước thành viên mới.

Ban thư ký AUN tham gia vào việc lập kế hoạch, tổ chức, giám sát và đánh giá các hoạt động AUN và cũng trong sự phát triển của những ý tưởng mới và việc mua lại tài trợ. Văn phòng thường trực của Ban thư ký được thành lập năm 2000 và nằm trong khuôn viên của Đại học Chulalongkorn ở Bangkok. Các chi phí hoạt động của Ban thư ký (ít nhất cho đến năm 2005) được Chính phủ Thái Lan tài trợ.